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根據腹瀉程度來判斷
如果是暴發性的、迅速傳播的腹瀉：病毒性腹瀉，如小反芻疫；
如果是隱性發生，緩慢散播，隨時間而加重：細菌性或寄生蟲性腹瀉。
先便秘后腹瀉：蘭舌病，小反芻疫。
3、根據糞便的酸堿度和性狀來判斷
病毒性腹瀉的糞便多為酸性；
其它腹瀉的糞便多為堿性；
水樣呈噴射狀腹瀉大多由病毒引起；
粘狀或糊狀，帶有泡沫狀的糞便大多由細菌引起；
糊狀、黃灰色、惡臭、混有血液的糞便大多為球蟲性腹瀉。
病源微生物性腹瀉 體溫升高 
體溫升高明顯，食欲差，精神不振，死亡率高，腸粘膜脫落，糞便中有腸粘膜上皮，氣味惡臭，排瀉物呈胨狀，有的含有血液（黑褐色為胃及小腸出血，紅褐色為中部腸道出血，鮮紅色為后部腸道出血），具有傳染性。有其它癥狀，如不同水不同環境源表現輕重程度不同，發病年齡存在差異，眼結膜脫水嚴重，眼窩下陷，結膜無血色。 病源微生物性腹瀉 體溫升高 
體溫升高明顯，食欲差，精神不振，死亡率高，腸粘膜脫落，糞便中有腸粘膜上皮，氣味惡臭，排瀉物呈胨狀，有的含有血液（黑褐色為胃及小腸出血，紅褐色為中部腸道出血，鮮紅色為后部腸道出血），具有傳染性。有其它癥狀，如不同水不同環境源表現輕重程度不同，發病年齡存在差異，眼結膜脫水嚴重，眼窩下陷，結膜無血色。 

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