菌種保存管是實驗室保存菌種的容器，內有25顆表面凹孔小瓷珠用于細菌的吸附和保存，可在保存周期內使用25次（每次1個）。使用過程中，將細菌接種在保存管內，放置于-20℃或-80℃環境中可長期保存（視不同菌種與保存溫度，一般可保存3-10年）,同時菌種的取用和保存較為便利（取用復蘇及保存菌株僅需1分鐘）。
由于菌種保存管取用和保存便利，不僅可保存一般細菌，苛刻菌，以及霉菌、酵母菌等真菌也可在低溫條件下保存，因此被廣泛應用于臨床領域（臨床藥敏試驗菌株的保存）、疾控領域（監測分離到的菌株的保存）、菌種保存中心（菌株的日常取用與保存）以及制藥企業（陽性對照菌株保存和取用）等領域。
細菌在適宜其生長的環境中（培養環境:需氧、厭氧、微需氧,培養溫度:35℃或25℃），會在極短時間內（8-18小時）經歷由調整期-對數期-穩定期-衰退期)四個生長周期(真菌需要培養7天、酵母菌需要培養三天產生孢子后保存，具體情況需看對數期的時間確定)。菌種保存的最終目的，是能夠在以后的時間使用該菌種。要達到這個目的，一般同時結合以下的三方面的措施：
1.取生命力最旺盛的對數期階段的菌種，該階段菌種生命力最為頑強，能夠更好的耐受保存過程中溫度的變化。
2.通過降低溫度，使細菌其進入“休眠狀態”，保存過程中該菌種處于最低的代謝活動。
3.降低細菌在降溫“休眠過程”和升溫“復蘇過程”中，溫度變化對菌種的傷害。
菌種保存管的保存原理，為目前較多實驗室所常用的甘油保存法的改進方法，可以簡述為“甘油小瓷珠保存法”。
產品保存時，將菌種刮取或轉移至凍存管中，上下顛倒凍存管，重力作用下，菌種均勻分布于凍存保護液中。將凍存管中的全部凍存液吸取出凍存管。密布凹孔的小瓷珠，擴大了小瓷珠的表面張力，在表面張力作用下，每個小瓷珠的表面僅僅覆蓋著一層凍存保護液，而菌種則存在于這層保護液之中。
產品使用時，從-20/-40/-80冰箱中拿出凍存管，輕輕晃動。由于此時的保存管內已沒有聚集的液體，瓷珠在低溫下也會很容易相互分離，而不必像傳統甘油法保存時需要很長的甘油融化時間。隨后，用接種針任取一瓷珠，就可直接在平板上劃線接種或置于增菌液中培養。
接種完成后，立即將該保存管置于原有的保存環境中，由于此種方法能夠快速的取用菌株，因此，菌種保存管內部溫度的波動相當的小。因此，能夠極大避免保存溫度的大幅波動對的菌種的傷害。

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